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增值税专用发票丢掉，首要要到办税厅收取并填写《发票挂失/损毁陈述表》，而且要在报纸上刊登丢掉声明。根据《国家税务总局 关于修订〈增值税专用发票运用规则〉的告诉》（国税发〔2006〕156号）第二十八条规则，一般纳税人丢掉已开具专用发票的发票联和抵扣联，假如丢掉前已认证相符的，购买方凭出售方提供的相应专用发票记账联复印件及出售方所在地主管税务机关出具的《丢掉增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审阅赞同后，可作为增值税进项税额的抵扣凭据。
假如丢掉前未认证的，购买方凭出售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及出售方所在地主管税务机关出具的《丢掉增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审阅赞同后，可作为增值税进项税额的抵扣凭据。
一般纳税人丢掉已开具专用发票的抵扣联，假如丢掉前已认证相符的，可运用专用发票发票联复印件留存备检。
假如丢掉前未认证的，可运用专用发票发票联到主管税务机关认证，专用发票发票联复印件留存备检。一般纳税人丢掉已开具专用发票的发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭据，专用发票抵扣联复印件留存备检。